Летом 1996 года указом президента был создан антитеррористический центр ФСБ (АТЦ ФСБ). Создание этого центра стало одним из первых шагов Михаила Барсукова после его назначения директором ФСБ. Руководителем Центра был назначен Виктор Зорин, первый заместитель директора ФСБ.

Формально необходимость его создания была вызвана крайней нескоординированностью отечественных антитеррористических служб, особенно ярко проявившейся во время операции в Буденновске в июне 1995 года.

После того, как существование Центра, созданного на базе бывшего Управления по борьбе с терроризмом (УБТ) КГБ СССР, было закреплено законодательно, в его состав вошли управления "А" (бывшая группа "Альфа") и "В" - бывшее Управление спецопераций, созданное на базе подразделения "Вымпел" (бывший спецназ внешней разведки) с присоединенной к нему группой "Вега", до того подчинявшейся МВД.

В структуру АТЦ были включены аналитики, оперативный отдел, отделы тренировок и связи, а в случае возникновения кризисной ситуации руководство АТЦ мог привлекать к выполнению задач силы ФСБ, МВД, ФПС и других ведомств. Однако действия АТЦ во время операции в Первомайском были не слишком удачны.

В мае 1997 Антитеррористический центр переименовали в департамент ФСБ по борьбе с терроризмом, в ходе дальнейших реорганизаций он стал Департаментом по защите конституционного строя и борьбе с терроризмом ФСБ.

Руководителем департамента в настоящее время является Герман Угрюмов. Заместитель руководителя Департамента, начальник Организационно-оперативного управления и ответственный секретарь Федеральной антитеррористической комиссии генерал-лейтенант Владимир Козлов.

В департамент по борьбе с терроризмом входит Центр Специального Назначения (ЦСН), состоящий из отрядов "Альфа" (созданный 29 июля 1974)и "Вымпел" (созданый 19 августа 1981). Так же в ЦСН входит Служба Специальных Операций.

База ЦСН ФСБ РФ расположена в г. Балашиха-2, войсковая часть № 35690. Центр подготовки группы "Альфа" уже двадцать пять лет носит название "Прибой".

Повседневная работа сотрудников отряда "Альфа" - нейтрализация террористов, захватывающих воздушные и водные суда, наземный транспорт, а также удерживающих заложников в зданиях.

Отряд спецназа "Вымпел" также занимается нейтрализацией террористов, но они специализируются больше на операциях повышенной степени риска и сложности: это могут быть операции на атомных электростанциях, гидроэлектростанциях, дамбах, крупных заводах и в сложных подземных коммуникациях.

"Альфа", "Вымпел" и сотрудники ССО принимали и принимают активное участие в контртеррористической операции на Северном Кавказе, где они в бесчисленных командировках в Чечню отшлифовывали свои умения, равно как и продолжают набирать бесценный боевой опыт. В основном, их задачи ограничиваются поимкой или уничтожением влиятельных полевых командиров чеченских боевиков. Так же, спецназовцы занимаются разведкой и часто являются силовым прекрытием агентурных операций ФСБ.